Theo Quyết định, thành lập 02 khối thi đua gồm 52 đơn vị thuộc trường Đại học Phenikaa, trong đó:
Khối thi đua số 1 (Khối đào tạo) gồm 28 đơn vị: Khoa Công nghệ sinh học, Hóa học và Kỹ thuật môi trường; Khoa Công nghệ số liên ngành (FIDT); Khoa Công nghệ thông tin; Khoa Cơ khí - Cơ điện tử; Khoa Du lịch; Khoa Dược; Khoa Điện - Điện tử; Khoa Điều dưỡng; Khoa Đông Phương học; Khoa Khoa học cơ bản; Khoa Khoa học và Kỹ thuật vật liệu; Khoa Khoa học y sinh; Khoa Kinh tế và Kinh doanh; Khoa Kỹ thuật ô tô và Năng lượng; Khoa Kỹ thuật y học; Khoa Răng, hàm, mặt; Khoa Tiếng Anh; Khoa Tiếng Hàn Quốc; Khoa Tiếng Nhật; Khoa Tiếng Pháp; Khoa Tiếng Trung Quốc; Khoa Y; Khoa Y học cổ truyền; Viện Đào tạo quốc tế; Trung tâm Nghiên cứu nguồn gen; Trung tâm Nghiên cứu xã hội liên ngành; Viện Nghiên cứu Nano; Viện Nghiên cứu tiên tiến Phenikaa.
Khối thi đua số 2 (Khối vận hành) gồm 24 đơn vị: Ban Quản lý tài sản; Đoàn Thanh niên; Phòng Công tác sinh viên; Phòng Đảm bảo chất lượng và Khảo thí; Phòng Đào tạo; Phòng Hành chính - Quản trị - Thiết bị; Phòng Hợp tác đối ngoại; Phòng Khoa học công nghệ; Phòng Pháp chế; Phòng Tài chính - Kế toán; Phòng Thanh tra; Phòng Tổ chức nhân sự; Phòng Tuyển sinh và Truyền thông; Tiểu ban Kiểm toán nội bộ; Trung tâm Công nghệ thông tin; Trung tâm Dịch vụ; Trung tâm Đào tạo thiết kế vi mạch bán dẫn; Trung tâm Đào tạo và cung cấp dịch vụ theo nhu cầu xã hội; Trung tâm Đào tạo và Khảo thí tiếng Trung Quốc; Trung tâm Mô phỏng y khoa; Trung tâm Nghiên cứu ứng dụng y sinh; Trung tâm Ngoại ngữ, Tin học & Kỹ năng; Trung tâm Thông tin thư viện; Trung tâm Tư vấn, Hỗ trợ và Đổi mới sáng tạo sinh viên.
Khối thi đua có nhiệm vụ tổ chức phát động phong trào thi đua, ký kết giao ước thi đua; xây dựng Quy chế tổ chức, hoạt động, ban hành tiêu chí chấm điểm thi đua hằng năm của khối thi đua. Đồng thời, tổ chức sơ kết, tổng kết, đánh giá kết quả thực hiện phong trào thi đua và bình xét, suy tôn đề xuất Cờ thi đua của Thành phố cho các đơn vị trong khối thi đua. Định kỳ luân phiên bầu khối trưởng, khối phó để điều hành công tác thi đua, khen thưởng của khối thi đua theo quy định.