Theo đó, các sở, ban, ngành triển khai hoàn chỉnh các quy hoạch phân khu, quy hoạch chi tiết và các quy hoạch ngành của thành phố thuộc lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy. Triển khai các dự án thành phần theo quy hoạch sử dụng đất, quy hoạch đô thị, hạ tầng kỹ thuật và cảnh quan môi trường hai bên bờ sông, chống lấn chiếm đất đai hai bên bờ sông Nhuệ, sông Đáy.
Sở Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với các sở, ban, ngành, UBND quận, huyện, thị xã thuộc lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy trên địa bàn thành phố triển khai công tác quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường, kiểm soát ô nhiễm trên lưu vực.
Sở Công Thương chủ trì, phối hợp với các sở, ban, ngành, UBND quận, huyện, thị xã thuộc lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy kiểm tra, đôn đốc các cụm công nghiệp, cụm công nghiệp làng nghề đã đi vào hoạt động, làng nghề triển khai xây dựng và vận hành trạm xử lý nước thải tập trung trên lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy.
Sở Xây dựng chủ trì, phối hợp với các cơ quan, tổ chức có liên quan đẩy nhanh công tác đầu tư xây dựng các trạm xử lý nước thải sinh hoạt tập trung của thành phố. Tiếp tục kêu gọi, đôn đốc tiến độ đầu tư xây dựng nhà máy xử lý rác bằng công nghệ tiên tiến; triển khai các dự án xử lý chất thải rắn. Đôn đốc đẩy nhanh tiến độ triển khai đầu tư trạm xử lý nước thải tại các cụm công nghiệp trên địa bàn thành phố giai đoạn 2014 - 2015...
Ban Quản lý các dự án Đầu tư xây dựng công trình cấp nước, thoát nước và môi trường thành phố Hà Nội chủ trì, phối hợp với các sở, ban, ngành, UBND quận, huyện, thị xã đẩy nhanh tiến độ triển khai xây dựng các nhà máy xử lý nước thải sinh hoạt và làng nghề tại xã Sơn Đồng, Vân Canh (huyện Hoài Đức).
Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì, phối hợp với các sở, ban, ngành, UBND quận, huyện, thị xã đẩy nhanh tiến độ triển khai các dự án cải tạo, nâng cấp trục chính hệ thống thuỷ lợi sông Nhuệ, các dự án trạm bơm thuỷ lợi, các dự án nạo vét, khơi thông dòng chảy giảm thiểu ô nhiễm, các dự án cải tạo, cấp nước từ sông Hồng vào sông Đáy và sông Nhuệ vào mùa kiệt; triển khai kế hoạch thanh tra, kiểm tra, xử lý, giải tỏa vi phạm pháp luật về đê điều, công trình thủy lợi trên địa bàn thành phố; tổ chức quản lý mốc giới, xử lý vi phạm hành vi lấn chiếm hành lang sông…
UBND quận, huyện, thị xã thuộc lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy phối hợp tổ chức thực hiện các dự án đầu tư xây dựng hệ thống thoát nước trên địa bàn; chỉ đạo, phối hợp thực hiện công tác giải phóng mặt bằng các dự án, công trình thoát nước, xử lý nước thải; tăng cường quản lý nhà nước, xử lý các vi phạm về đất đai, trật tự xây dựng, bảo vệ môi trường; tuyên truyền vận động nhân dân nâng cao ý thức trách nhiệm bảo vệ đất đai, bảo vệ môi trường sông Nhuệ - sông Đáy...