Theo quyết định, thành lập Trưởng Trung học phổ thông Thọ Xuân thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội có trụ sở tại Xã Thọ Xuân, huyện Đan Phượng, thành phố Hà Nội, là cơ sở giáo dục phổ thông công lập trong hệ thống giáo dục quốc dân và trong hệ thống các trường phổ thông của thành phố Hà Nội; có tư cách pháp nhân, được sử dụng con dấu riêng và mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật. Trường Trung học phổ thông Thọ Xuân được tổ chức và hoạt động tuân thủ các quy định hiện hành của Bộ Giáo dục và Đào tạo đối với trường trung học phổ thông; chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp, toàn diện của Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội và các sở, ngành có liên quan của thành phố Hà Nội.

Biên chế sự nghiệp của Trường Trung học phổ thông Thọ Xuân được xác định theo quy định tại Thông tư số 16/2017/TTLT-BGDĐT ngày 12/7/2017 của Bộ Giáo dục và Đào tạo hướng dẫn danh mục khung vị trí việc làm và định mức số lượng người làm việc trong các cơ sở giáo dục phổ thông công lập, trong tổng biên chế sự nghiệp của Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội, được UBND Thành phố phân bổ hàng năm.

Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội điểu chỉnh trong tổng số biên chế sự nghiệp được giao năm 2023 để bổ sung 29 biên chế viên chức, 04 lao động hợp đồng theo Nghị định số 111/2022/NĐ-CP làm bảo vệ, phục vụ cho Trường Trung học phổ thông Thọ Xuân nhằm đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ quản lý và đào tạo của Trường trong năm 2023-2024.