Nhà Lý cầm quyền 215 năm, giặc ngoại xâm không xâm phạm Thăng Long, nhưng đất kinh kỳ vẫn phải chịu một số cơn binh đao, xung đột cung đình và chiến tranh phe phái. Kinh thành nhiều lần bị đốt phá khiến vua Lý đã phải làm nhà tranh bên sông Tô Lịch để ở. Năm 1226, nhà Trần thay thế nhà Lý chấm dứt tình trạng loạn ly, thiết lập lại trật tự chính trị xã hội. Thừa kế những kết qủa xây dựng đất nước của nhà Lý, nhà Trần đã có nhiều chính sách và biện pháp tích cực thúc đẩy sự phát triển kinh tế, tăng cường sức mạnh quốc phòng, nâng cao đời sống nhân dân, giữ vững nền độc lập của Đại Việt.

Năm 1230, nhà Trần tu sửa lại thành Đại La, hoạch định lại các đơn vị hành chính, chia thành 61 phường. Điện Thiên An là nơi vua làm việc và thiết yến các quan.; điện Tập Hiền, điện Thọ Quang là nơi tiếp các sứ thần nước ngoài; điện Diên Hồng là nơi đã diễn ra Hội nghị bô lão trong cuộc kháng chiến chống quân Nguyên-Mông. Ngoài Hoàng thành, nhà Trần cho xây dựng thêm khu Quán Sứ ( cạnh chùa Quán Sứ ngày nay) để tiếp sứ thần nước ngoài....Thăng Long có vinh dự là mảnh đất đã sinh thành hoặc nuôi dưỡng nhiều thiền sư, nhiều nhà nghiên cứu thiền học nổi tiếng: Trần Thái Tông, Tuệ Trung Thượng sĩ, Trần Thánh Tông, Trần Nhân Tông… Trần Thái Tông là người mở đầu triều đại nhà Trần, cũng là người nêu gương sáng cho việc tu tập, nghiên cứu Thiền học của vương triều Trần. Các nhà vua anh hùng nối tiếp của triều Trần, mà tiêu biểu nhất là Trần Nhân Tông, là những người sùng Phật, nghiên cứu sâu về Thiền học và khai thác những nhân tố tích cực của đạo Phật trong sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Chính vì thế, mà Phật giáo thời Trần mang nhiều nhân tố tích cực như: nhập thế, không giáo điều, không kinh viện, không chấp trước và còn có tính chiến đấu vì vận mệnh của Tổ quốc và lợi ích của nhân dân, đem lại cho Phật học những nét đặc trưng của dân tộc Việt Nam.

Về văn hóa, kinh đô Thăng Long là một thành phố mở, hội tụ tinh hoa văn hóa của nhiều nước nhưng vẫn giữ cốt cách bản sắc văn hóa dân tộc. Nho giaó thời Trần tăng uy thế, giáo dục Nho học được coi trọng và có bước phát triển. Từ năm 1247, nhà Trần đặt thêm học vị Trạng Nguyên, Thám hoa, Bảng nhãn... Một yếu tố quan trọng cấu thành văn hóa Đại Việt đời Trần, hay nói một cách khác, cái để góp phần tạo nên Hào khí Đông A, đó là nền khoa học quân sự thời Trần. Trần Quốc Tuấn đã soạn sách Binh thư yếu lược và sách Vạn kiếp binh thư làm cơ sở cho việc huấn luyện, đào tạo võ quan. Thăng Long thời Trần, thượng võ trọng văn là nguồn cảm hứng mạnh mẽ cho nhiều nhà văn, nhà thơ, hình thành nhiều nhà văn hóa lớn như Hàn Thuyên, Nguyễn Sĩ cố làm thơ nôm, Chu Văn An là nhà giáo dục lớn, mẫu mực, tài cao đức trọng..., Trần Nhân Tông, Trần Quang Khải, Trương Hán Siêu, Phạm Sư Mạnh là những nhà văn nhà thơ lớn của dòng văn học yêu nước. Lê Văn Hưu, nhà sử học uyên bác, tác giả cuốn “ Đại Việt sử ký”