Ngày 22/12/1788, Nguyễn Huệ lên ngôi hoàng đế, hiệu là Quang Trung, rỗi xuất quân ra Bắc, đuổi giặc Thanh. Trưa mồng 5 Tết, vua Quang Trung cùng đại quân tiến vào thành Thăng Long, đại phá 29 vạn quân Thanh, giải phóng đất nước khỏi họa xâm lược nhà Thanh. Ngay năm 1789, Quang Trung đã mở khoa thi Hương đầu tiên ở Nghệ An, ban Chiếu lập học khuyến khích các địa phương tổ chức lại việc học hành và thi cử, đưa chữ Nôm lên địa vị chính thức của quốc gia. Nhưng trong buổi đầu cách tuyển dụng quan liêu chủ yếu vẫn là lối tiến cử và cầu hiền. Trong quá trình phát triển của cuộc khởi nghĩa, Nguyễn Huệ rất chú ý thu nạp nhân tài, trọng dụng những sĩ phu thành tâm theo mình. Cuối năm 1788, khi 29 vạn quân Thanh sang xâm chiếm nước ta, Ngô Thì Nhậm là người có công lao lớn đóng góp vào sự nghiệp đại phá quân Thanh. Sau chiến thắng oanh liệt năm 1789, Ngô Thì Nhậm được Quang Trung giao cho giữ vai trò chủ yếu trong công tác ngoại giao với nhà Thanh.
Ngô Thì Nhậm, với các loại nghiên cứu địa lí, lịch, phê bình (văn học, lịch sử), bình luận chính trị, xã hội, văn từ hành chính, thư từ bang giao… hết sức phong phú và uyên bác, đến nay còn giúp ích cho chúng ta nhiều tài liệu rất quý để tìm hiểu đánh giá các mặt kinh tế, văn hóa, triết học, ngoại giao của thời kì Lê mạt và Tây Sơn.
Nghiên cứu khoa học thời Tây Sơn trên đất Thăng Long còn phải kể tới những tên tuổi khác như: Phan Huy Ích, Nguyễn Huy Lượng, Cao Huy Diệu, Ngô Ngọc Du, Ninh Tốn, Bùi Dương Lịch, Nguyễn Hữu Chỉnh… Năm 1792, vua Quang Trung qua đời. Lịch sử triều đại Tây Sơn tuy ngắn ngủi, nhưng đã để lại những dấu ấn đậm nét trong lịch sử nước nhà.
