Rồng thời Mạc

Cuối triều Lê bắt đầu từ Lê Uy Mục, chính trường Thăng Long đã diễn ra khá phức tạp. Vua kém tài thiếu đức, bề tôi mưu thoán đoạt vương quyền, lòng người ly tán, chính trị, xã hội khủng hoảng sâu sắc. Tham gia vào sự biến loạn chủ yếu là các gương mặt thuộc tầng lớp vương công, văn võ bá quan, trong đó nổi lên nhân vật Mạc Đăng Dung. Đến thời Cung Hoàng thì uy thế của Mạc Đăng Dung đã bao trùm hết thảy và thu phục được lòng người. Sử chép về ông như sau: “Từng bình được nhiều giặc lớn, uy quyền ngày càng thịnh, mà đạo quân nhà vua thì yếu ớt lòng người ai cũng hướng về Đăng Dung” (Lê Quý Đôn - Đại Việt thông sử). Qua hoạt động thực tiễn Mạc Đăng Dung đã tỏ ra vượt trội hơn người khác về uy tín và tài năng. Việc phải đến đã đến, Thăng Long một lần nữa chứng kiến chính biến vương triều nhà Lê chuyển qua nhà Mạc (1527).
       Tuy nhiên họ Mạc lập ra một triều đại mới trong bối cảnh đã hình thành nhiều thế lực quan liêu có quyền lực quân sự lớn nhỏ cho nên lâm ngay vào tình trạng chiến tranh phân liệt chứ không phải thống nhất xã hội. Với việc phế bỏ nhà Lê, họ Mạc đã mở đầu cục diện phân tranh. Cuộc Phân này trước tiên diễn ra giữa Tây Đô và Thăng Long, hình thành nên cái gọi là Bắc triều (thế lực nhà Mạc) và Nam triều (thế lực nhà Trịnh) để rồi sau đó chuyển sang cục diện Đàng Trong, Đàng Ngoài, tiền đề cho một Hợp lớn hơn 200 năm sau.
       Bức tranh Thăng Long thời Mạc khá phức tạp, cung điện kho tàng và các phường phố ở Kinh thành đã nhiều lần bị thiêu đốt, tàn phá. Hoàng thành nhiều năm bị bỏ trống càng trở nên hoang phế điêu tàn. Cuối năm 1585 Mạc Mậu Hợp trở lại Thăng Long cho tu sửa lại Hoàng thành để chống lại cuộc tấn công của họ Trịnh. Lần tu sửa này Hoàng thành đã thu hẹp lại về hai phía Đông và phía Tây, một số cung điện bị bỏ ra ngoài hoàng thành trở nên hoang phế. Tuy vậy Hoàng Thành thời gian này vẫn rộng hơn Hoàng thành thời Lý - Trần và rộng hơn tỉnh thành Hà Nội thời Nguyễn.
         Năm 1592, Trịnh Tùng con trai của Trịnh Kiểm đã kéo quân vây đánh Đông Đô, Mạc Mậu Hợp bị giết. Vua Lê Thế Tông được họ Trịnh phò tá trở lại Thăng Long mở đầu thời kỳ mới và duy nhất trong lịch sử Việt Nam vừa có Vua vừa có Chúa mà lịch sử gọi là thời Lê Trung Hưng. Sau khi đuổi được họ Mạc ra khỏi Thăng Long, năm 1593 chúa Trịnh cho sửa sang qua loa lại Hoàng thành để vua Lê ở còn lại tập trung dựng phủ chúa bên ngoài Hoàng thành. Đây mới cơ quan đầu não đích thực của trung ương thời bấy giờ với nhiều công trình kiến trúc xa hoa lộng lẫy: lầu Ngũ Long (phía bờ Đông hồ Gươm), đình Tả Vọng (nay là gò Rùa), cung Thuỵ Khánh (chỗ đảo Ngọc Sơn), Năm 1728 Trịnh Giang còn cho đào hầm ở phía Nam hồ Gươm để dựng cung điện ngầm dưới đất gọi là Thưởng Trì cung. Khu văn miếu được mở rộng thêm thành một khu học xá lớn nhất trong thời phong kiến bao gồm các điện Đại Thành thờ tiên thánh, nhà giải vũ thờ tiên nho, nhà Thái học trong đó có trường Quốc Tử Giám. Hai phía Đông và Tây nhà Thái Học dựng nhà bia ghi danh tiến sĩ và dựng cả khu nhà 150 gian cho học sinh ở tạo thành một nhà học quy mô chưa từng có trong các thời đại trước. Ngoài ra là hàng loạt các đền chùa có quy mô lớn cũng được dựng lên trong thời gian này như: chùa Trấn quốc, chùa Tiên Tích, đền bà Kiệu....  

        Mặc dù có nhiều biến động về chính trị, xã hội song đây cũng chính là thời kỳ kinh tế và văn hoá đặc biệt phát triển, hình thành nên những vùng buôn bán khá hưng thịnh. Chợ phát triền nhiều, buôn bán sầm uất ở kinh kỳ, Kiến An... Tầng lớp thị dân ngày một gia tăng, có một số trở thành chủ xưởng, chủ hiệu giàu có, nhưng đông đảo vẫn là người sản xuất và buôn bán nhỏ. Vì thế Thăng Long không vượt qua được mô hình cấu trúc của thành thị trung đại phương Đông để trở thành “thành thị tự do” như ở phương Tây. Tuy thế trong lĩnh vức văn hoá, giáo dục, đây cũng là thời gian thành Thăng Long chứng kiến sự nở rộ của mặt bằng trí thức. Hàng loạt các tiến sĩ đã thi đỗ, trong đó có một tiến sĩ nữ (Trần Thị Duệ), có người đã trở thành đại trí thức như Nguyễn Bỉnh Khiêm, Phùng Khắc Khoan... Cùng với những tên tuổi người Thăng Long gốc: Đặng Trần Côn, Bùi Huy Bích, các vị lập nghiệp ở đây như Lê Quý Đôn, Nguyễn Gia Thiều, Đoàn Thị Điểm đã làm cho văn hoá Thăng Long thêm sáng giá. Đây chính là bước đệm cho sự phục hưng văn hoá ở các thế kỷ sau.
        Đặc biệt đến đầu thế kỷ XVII ở Thăng Long ngày xuất hiện nhiều thương điếm của người châu Âu như Hà Lan, Anh, đặc biệt là các thuyền nhân người Hoa sang cư trú và buôn bán. Tất cả những hoạt động đó đều diễn ra trong một bầu không khí chính trị vần vũ của những cuộc chiến tranh kéo dài giữa hai thế lực: Chúa Trịnh (Đàng Ngoài) và Chúa Nguyễn (Đàng Trong). Cuộc chiến chỉ chấm dứt khi người anh hùng áo vải Nguyễn Huệ nổi lên tiêu diệt cả hai thế lực, lập lại trật tự vào năm 1786.