Như một quy luật, nhà Trần sau một thời gian hưng thịnh, đã đi vào suy thoái, quý tộc ngoại thích Hồ Quý Ly chiếm ngôi lập ra nhà Hồ (1400 - 1407). Ông xây dựng một đô thành mới ở Thanh Hoá gọi là Tây Đô. Thành Thăng Long, lúc này đổi là Đông Đô rồi Đông Quan lại một lần nữa chứng kiến quân xâm lược ngoại bang giày xéo. Năm 1406, nhà Minh phái 20 vạn quân sang xâm lược Đại Việt.

         Cuộc kháng chiến do nhà Hồ lãnh đạo thất bại, thành Đông Quan trở thành nơi chiếm đóng của địch. Đất nước đứng trước thử thách mới của lịch sử để rồi chứng kiến cuộc chiến tranh giữ nước của anh hùng tương ngộ Lê Lợi - Nguyễn Trãi (1418). 10 năm sau ngày phất cờ khởi nghĩa tại núi rừng Lam Sơn, quê hương của người anh hùng Lê Lợi, toàn quân dân Đại Việt đã đại thắng giặc Minh, lập nên một triều đại mới: triều đại nhà Lê.

          Năm 1512 Lê Tương Dực lệnh cho Vũ Như Tô đứng ra trông non xây dựng hơn 100 nóc cung điện có gác và khởi công xây dựng Cửu Trùng Đài. Năm 1514 lại cho mở rộng Hoàng thành mấy nghìn trượng (mỗi trượng 3,6m) bao bọc cả quán Trấn vũ và chùa Kim cổ, tường thành chạy từ phía Đông nam đến Tây bắc, chắn ngang sông Tô. Theo lối vẽ ước lệ của bản đồ thì phỏng đoán rằng mặt phía Đông gần trùng với phố Hàng Cót, Hàng Điếu, Hàng Da ngày nay. Phía mặt Bắc chạy theo sông Tô, trùng với đường Hoàng Hoa Thám, mặt phía Tây là đường Bưởi. Mặt Nam có thể là một đoạn phố Cầu Giấy chạy sang Kim Mã rồi Sơn Tây, Trần Phú tới Hàng Da. Có thể hiểu đây là khu Hoàng thành với diện tích rộng gấp đôi Hoàng thành thời Lý -Trần.Khu dân cư chia làm hai huyện: Vĩnh Xương và Quảng Đức, mỗi huyện 18 phường.